1941年12月日本偷袭在珍珠港的美国驻军,太平洋战争暴发,原北京协和医学院(现中国协和医科大学)因为和美国所协办,受其影响被迫停学。1942年,原北京协和医学院许英魁教授被北京大学医学院聘请为神经科教授、主任,在大内科内建立了神经精神专业,是北大医院神经科的前身。1948年北京协和医学院恢复开学,1949年许英魁教授受上级指派带领赵葆荀、王绩估等又返回北京协和医学院,许英魁任神经科主任。陈文俊教授、王芷沅教授、曹天祥教授仍在北京大学医学院继续从事神经精神科专业临床、教学、科研工作。曹天祥教授1947年-1958年在北大医院神经科工作,1958年-1977年支援边疆,调至内蒙古医学院附属医院神经科工作,1977年后一直在北医叁院工作,任科室副主任。王芷沅教授1942年在在导师许英魁教授的领导下,创建了北京医学院神经精神病专业并开设门诊和病房,1958年做为技术骨干调至北京友谊医院,担任神经内科主任。
1951年北京医学院第一附属医院建立精神病院。1952年伍正谊教授来主持并独立成为精神科。1954年成立精神病学教研室。
1954年神经科独立建科,由陈文俊教授任独立建科后的第一届神经科主任。在此期间建立了神经病理研究室。
1958年病房床位扩至36张,科室内的大夫有高素荣、余宗颐、王笑中、郑丕舜、饶明俐、陈清棠、吴逊、袁锦楣、褚月发等。吴逊建立科内第一个实验室-脑电图室。1951年郑丕舜留北医一院工作,1965年调往湛江医学院(现广东医学院)神经科工作,1984年调任中日友好医院,建立神经内科,任神经内科主任。饶明俐1955年毕业留北医一院工作兼任院团委书记,1958年派到北医叁院组建神经科,1959年返回北医一院,1962年调至白求恩医科大学第一医院工作,曾任脑血管病研究所所长、国家神经内科培训中心主任、白求恩医科大学副校长等职务。
1960年病床又增至45张,科室人员增加了吴丽娟、戴叁冬、赵玉滨。并增建肌电图室、神经病理室,购置显微镜和切片机。“文革时期”,神经科又并入大内科,部分人员加入当时的“新医门诊”。
1978年又独立为神经科,设硕士点。科室人员增加了高惠珍、韩方群、俞敏萱,筹建神经外科及相继建立各实验室:陈清棠教授、吴丽娟教授建立神经病理室;吴逊教授、孙相如教授建立神经电生理室。
1980年袁锦楣教授在神经病学研究室内建立了中国第一个独立的有专职技术人员的神经免疫实验室。1990年至2000年,袁锦楣教授申请获得国家自然科学基金会基金3项,卫生部基金3项,九五攻关1项,中日联合基金1项,为北大医院神经免疫专业的发展打下坚实的基础,获得国内同行好评。
1982年科室人员增加王相昌、王荫华,之后,王荫华加入神经心里专业,同年王相昌成立神经外科专业组。
1983年科室人员增加王薇薇,之后王薇薇加入癫痫专业组。
1984年科室人员增加伍期专并重新筹建神经生化室,协助陈清棠教授开展线粒体肌肉病的研究。
1985年王荫华教授协助高素荣教授建立神经心理室。科室人员增加赵桂萍,与赵玉宾教授组建神经耳科专业,研究眩晕患者临床、诊治及发病机制。
1986年科室人员增加贾志荣,先加入神经心里组专业,之后又加入神经电生理专业。同年科室开设肌肉病、癫痫、帕金森病、痴呆等专业门诊。
1987年科室人员增加唐建、郝洪军,加入神经免疫专业组。郝洪军分配到神经免疫室,在袁锦楣教授的指导下,重新开展贰玫瑰花结实验检测罢-淋巴细胞活性、寡克隆区带及脑脊液内各种抗体的检测等。2002年以后不断拓展新的项目,至目前,形成较为系统的从中枢--外周神经--肌肉接头--肌肉的全方位免疫相关的诊断检查指标检查,获得国内同行好评。
1988年科室人员增加刘凤君,之后加入癫痫专业组。
1989年科室人员增加袁云,拓展了神经肌肉病的检查项目,从此,北大医院神经肌肉病病理专业开启新的篇章,其医教研为国内名列前茅,在欧美、日本同行具有知名度。同年,神经外科正式从神经科分出独立建科,王相昌任神经外科主任。
1990年科室人员增加高枫,协助陈清棠教授组建神经遗传分子生物学专业,2004年加入并负责神经免疫专业学科。
1992年由陈清棠教授、袁锦楣教授及科室多位专家教授的共同努力,被批准设博士点。同年科室增加人员李越星,加入神经病理专业组。
1996年,经院领导审批,由神经内科、神经外科和小儿神经科的多个研究室联合建立“神经病学研究中心”,中心下属:神经病理室、神经电生理室、神经生化室、神经免疫室、神经心理室、神经药理、神经发育、分子遗传及神经外科研究室等9个研究室。同年,科室人员增加贺茂林,加入脑血管病专业组,之后任命神经内科行政副主任(负责教学工作),2005年人才引进到北京世纪坛医院,任神经内科行政主任。
1998年科室人员增加王朝霞,加入到陈清棠教授牵头进行科技部国家九五课题“尿激酶溶栓治疗脑梗死研究”,之后负责并拓展神经遗传分子生物学专业。
2002年,黄一宁教授做为人才引进,从北京协和医学院神经内科调至timi天美传孟若羽神经内科,任命行政主任、同时做为神经内科学科带头人,带领全科向前发展。
2003年,黄一宁教授等创建了脑血管病预防与治疗研究专业学科、神经睡眠障碍专业学科,不断丰富拓展脑血病专业学科。
2010年,黄一宁教授牵头的十一五课题“重大新药创制”——“脑血管疾病和耐药性病原菌感染的国际化新药临床评价研究技术平台建设”获立项支持。
2011年,袁云教授牵头的十二五子课题“重大新药创制”——“创新药物研究开发技术平台建设”获立项支持。
2012年,黄一宁教授牵头的十二五第二批子课题“重大新药创制”——“脑血管疾病和耐药性病原菌感染的国际化新药临床评价研究技术平台建设”获立项支持。